Исследование уровня фосфора в моче используется в диагностике нарушений обмена неорганического фосфора в организме совместно с определением его содержания в сыворотке крови. Назначают при заболеваниях паращитовидных желез, почек, склонности к образованию почечных камней, для мониторинга лечения витамином Д. Снижение концентрации фосфора происходит при гипопаратиреозе, паратиреоидэктомии, при снижении клубочковой фильтрации, при рахите (при высоком содержании кальция в пище), остеопорозе, инфекционных заболеваниях, острой жёлтой атрофии печени, акромегалии, при дефиците фосфора в пище, больших потерях фосфора через кишечник, при нарушении его всасывания (например, при энтероколите), при туберкулёзе, лихорадочных состояниях, при недостаточности функции почек.